Su objeto de investigación va cambiando hacia una vertiente “biológica”. La noticia del cierre de un hospital por la presencia de bacterias, le hace plantearse la posibilidad de investigar sobre pinturas insecticidas. Lo que en ese momento es una investigación pensada para controlar los insectos del mundo desarrollado,  marca un cambio sustantivo en la trayectoria profesional y humana de Pilar Mateo.

En 1995 de forma providencial un médico boliviano le pide ayuda para combatir el Mal de Chagas, enfermedad endémica algunos países de América Latina, que afecta a unos 25 millones de personas, estando otros  100 millones en riesgo de contraerla. Dicha enfermedad es transmitida por la picadura de un chinche que en Bolivia se llama vinchuca, y que transporta en su interior el Tripanosoma cruzi. El sistema inmunitario humano no puede luchar contra estos tripanosomas, no existe vacuna  y se está lejos de poder combatirlos con medicamentos o fumigaciones. Consciente de que la ciencia puede aliviar la pobreza extrema de muchos países y beneficiar a las personas más vulnerables, asume como reto profesional la elaboración de una pintura que pueda controlar el Mal de Chagas; una enfermedad asociada a la pobreza. Según ella: “A nadie le importa el Chagas porque es la enfermedad de los pobres, ningún laboratorio va a fabricar fármacos o productos para quien no puede pagarlos”.

Aprovechando sus experiencias investigadoras previas, diseña INESFLY 5A IGR, una pintura resinosa que incorpora inhibidores de  quitina o reguladores de crecimiento, ecológicamente aceptable que resulta ser eficaz para controlar directamente la presencia de artrópodos, y por tanto las enfermedades que éstos transmiten. Ella misma se desplaza a la selva guaraní en Bolivia y convive con las comunidades para asegurarse de la eficacia de su pintura. Convence a los líderes comunitarios de que es imprescindible  llevar a cabo una rehabilitación de las viviendas y un cambio de hábitos higiénicos al tiempo que se pintan sus viviendas con Inesfly. Como ella dice: “Hay que poner el conocimiento en acción”. Tras años de rigurosas pruebas, su producto ha superado todas las fases de pruebas clínicas de la OMS; está científicamente comprobado que su pintura salva vidas: ningún niño de las viviendas pintadas con Inesfly  hace ocho años ha contraido el mal de Chagas.

Durante cuatro años (1999-2003) fue Directora General de Cooperación al Desarrollo de la Generalitat de la Comunidad Valenciana a condición de mantener su independencia política. Desde allí impulsó nuevas líneas de actuación,
constituyéndose en un referente de la Cooperación descentralizada de nuestro país. Desde su comienzo al frente de la cooperación Valenciana encaminó sus esfuerzos a la coordinación de los distintos agentes de la cooperación ; así también, mostró  un interés especial por la situación de las personas más vulnerables: las mujeres y la infancia.  Impulsora de diversas iniciativas, ella es el "Alma Mater" de la popular campaña "Un juguete una ilusión".

En 2003 con motivo de la guerra de Irak firmó, junto con dos decenas de rectores universitarios hispanoamericanos un manifiesto en contra de la guerra. Tras esta etapa, retoma su actividad científica, empresarial y humanitaria con una energía redoblada.

Está convencida de que su producto puede ser eficaz para combatir los insectos que transmiten la malaria, el dengue, la Leishmaniasis y Virus del Nilo, por eso se está aplicando con éxito en diversos países: Benin, Costa de Marfil, Bolivia, Panamá, Colombia, México, Cuba, EE.UU., Argentina, Perú y República Dominicana. Actualmente  la OMS en la última fase de pruebas para validar su eficacia contra la malaria y el dengue, dos enfermedades que afectan a millones de personas en el mundo.  El ministerio de defensa español utiliza su fórmula, homologada por la OTAN, para proteger de la picadura de los insectos a los soldados destacados en países tropicales. El ministerio de defensa de EEUU también está interesado en su producto para combatir el virus del Nilo.

Consciente de que las mujeres son las más pobres entre los pobres fundó en 2006 el MoMIM  (Movimiento de Mujeres Indígenas del Mundo). Se trata de un movimiento compuesto por mujeres  de diversos países que consideran el término indígena  en su acepción más integradora (persona originaria del país  que se trate) y luchan por la igualdad social dentro de la diversidad cultural.

Ha recibido diversos premios tanto por su perfil humanitario como científico. Entre los más recientes: